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云南农业大学在生物资源数字化方面取得巨大成果 完成全球最大型葡萄属植物基因组学数据库
源:科技产业处 時间:2020-05-26浏览器频次:

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小编传闻 近年来,知名度知名度期刊综述Molecular Plant免费再线先生发表了发源广东种植业专科大学董扬专家科目组发表文章“VitisGDB: The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的剖析综述(DOI:),因素着中国在常见常见草莓品种品种属绿植作用基因隐性基因组组学数据统计库建没个方面具有重要性重大进展。该课题为绿植学者大力开展常见常见草莓品种品种属绿植相对比较基因隐性基因组组学剖析与常见常见草莓品种品种隐性基因繁育提供了了重要的免费再线剖析生产工具。

葡萄是世界上最古老的果树树种之一,葡萄(Vitis vinifera ssp.vinifera)是葡萄属中栽培最多的水果作物,该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带地区的原生栖息地中,北美约有28种野生葡萄品种,东亚约有30种野生葡萄种类。尽管葡萄栽培在人类历史中具有重要的文化意涵及经济价值,但大规模基因组遗传变异数据的缺乏导致无法解析其驯化传播历史,也严重阻碍了葡萄的性状改良。

VitisGDB的构建和功能介绍


随着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析,及相关重测序、转录调控等高通量数据的积累,研究者迫切需要一个能够整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较工具,对葡萄属的特定生物学特征或基因家族的基因序列、结构等进行比较分析。为此,董扬教授和盛军教授、中科院植物研究所李绍华教授合作,共同构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB(http://vitisgdb.safespeedforlife.com/)。截至目前,VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装结果;收录并处理了包括1641个重测序数据以及相应的表型信息;预测鉴定出9395万个单核苷酸变异位点(SNP)以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具,该数据库将不同类型的数据有机整合到了一起,为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。论文在同行评议中,国际著名葡萄研究工作者给予极其高度的评价,认为该数据库是葡萄遗传资源领域类目前最全面和易用的数据库。该数据的上线,是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库,为葡萄这种“一带一路”典型作物的协同研究提供了重要的工具。

广东海洋生物物资保护性与根据的国家侧重点实践室研究分析董扬先生精英团队董笑和陈玮先生为论文提纲提纲互相第一次作著,盛军先生和李绍华先生为论文提纲提纲的互相通迅作著。该做工作能够得到了广东省林业厅的投资项目帮助。

作者:
编辑:潘伟荣


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